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内閣は、構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第二条第三項、第四条第
九項及び第十項、第十七条、第二十一条第一項、第三十八条並びに別表第十六号の規定に
基づき、この政令を制定する。
　 （農地法施行令の特例）
第一条　構造改革特別区域法（以下「法」という。）第十六条第三項に規定する特定法人
　 に関する農地法施行令（昭和二十七年政令第四百四十五号）第一条の四第二号の規定の
　 適用については、同号中「農業協同組合」とあるのは、「農業協同組合及び構造改革特
　 別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十六条第三項に規定する特定法人」とする。
　 （関税法施行令の特例）
第二条　地方公共団体が、その設定する構造改革特別区域（法第二条第一項に規定する構
　 造改革特別区域をいう。以下同じ。）及びその周辺の地域における道路、港湾、空港そ
　 の他の交通施設の整備の状況からみて、当該構造改革特別区域において民間事業者の能
　 力を一層活用して関税法（昭和二十九年法律第六十一号）第六十二条の八第一項各号に
　 掲げる行為をすることができる施設の設置及び運営を促進することにより、同法第二条
　 第一項第三号に規定する外国貨物又は同項第二号に規定する輸出をしようとする貨物の
　 流通が相当程度増進されることが見込まれるものと認めて法第四条第八項の規定による
　 内閣総理大臣の認定（法第六条第一項の規定による変更の認定を含む。以下「認定」と
　 いう。）を申請し、その認定を受けたときは、当該認定の日以後は、関税法施行令（昭
　 和二十九年政令第百五十号）第五十一条の十一第二号中「）又は」とあるのは「）若し
　 くは」と、「）にその株式を所有され、又は」とあるのは「）にその株式を所有され、
　 若しくは」と、「又は一の地方公共団体等の出資若しくは拠出の金額（」とあるのは「
　 若しくは一の地方公共団体等の出資若しくは拠出の金額（」と、「その発行済株式の総
　 数又は」とあるのは「その発行済株式の総数若しくは」と、「以上であるものであるこ
　 と」とあるのは「以上であるもの（以下この号において「地方公共団体等関連法人」と
　 いう。）であること、又は地方公共団体及び地方公共団体等関連法人以外の法人で、構
　 造改革特別区域法施行令（平成十五年政令第七十八号）別表第一号に掲げる構造改革特
　 別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第二条第二項に規定する特定事業の同法第四
　 条第二項第四号に掲げる実施主体（法第六十二条の八第一項の許可を受けようとする一
　 団の土地等の所在する地域を管轄する地方公共団体が同法第四条第八項の規定による内
　 閣総理大臣の認定を受けた同条第一項に規定する構造改革特別区域計画（同法第六条第
　 一項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの）に定められた実施主
　 体に限る。）であるものであること」とする。
　 （関税法の特例に係る政令で定める場合等）
第三条　法第十七条に規定する政令で定める場合は、次のいずれかに該当する場合とする。
　 一　構造改革特別区域を管轄区域とする税関官署における関税法第九十八条第一項の承
　　 認（以下この条において「臨時開庁承認」という。）の回数（当該税関官署が二以上
　　 ある場合には、それぞれの税関官署における臨時開庁承認の回数を合計した回数。次
　　 号において同じ。）が、当該構造改革特別区域に係る法第四条第一項の規定による申
　　 請（法第六条第一項の規定による変更の認定に係る申請を含む。次号において「申請」
　　 という。）の日の属する年又はその年の前年までの過去三年間における各年のいずれ
　　 かの年において三百六十五回以上ある場合
　 二　構造改革特別区域を管轄区域とする税関官署における臨時開庁承認の回数が、当該
　　 構造改革特別区域に係る法第四条第一項に規定する構造改革特別区域計画の内容（法
　　 第六条第一項に規定する認定構造改革特別区域計画の変更の内容を含む。）その他の
　　 事情を勘案して、申請の日の属する年又はその年の翌年以後五年間における各年のい
　　 ずれかの年において三百六十五回以上あることが見込まれる場合
２　税関長は、法第四条第八項の規定による内閣総理大臣の認定に係る構造改革特別区域
　 に所在する関税法第二十九条に規定する保税地域（同法第三十条第一項第二号の規定に
　 より税関長が指定した場所を含む。）に置かれている貨物その他これに準ずる貨物であ
　 ると認めるものに係る臨時開庁承認を受ける者が同法第百条第四号の規定により納付す
　 べき手数料については、税関関係手数料令（昭和二十九年政令第百六十四号）第六条第
　 一項の規定により計算される額の二分の一に相当する額を軽減することができる。
　 （公有地の拡大の推進に関する法律施行令の特例）
第四条　地方公共団体が、区域内造成地（土地開発公社が公有地の拡大の推進に関する法
　 律（昭和四十七年法律第六十六号）第十七条第一項第二号の規定により造成した土地で
　 あって、当該地方公共団体が設定する構造改革特別区域内に所在するものをいう。以下
　 この条及び別表第二号において同じ。）を業務施設（工場、事務所その他の業務施設を
　 いう。以下この項において同じ。）、福祉増進施設（教育施設、医療施設その他の住民
　 の福祉の増進に直接寄与する施設をいう。以下この項において同じ。）又は立地促進施
　 設（業務施設又は福祉増進施設の当該構造改革特別区域内への立地の促進に資する施設
　 をいう。）の用に供するために賃貸することが都市の健全な発展と秩序ある整備に寄与
　 するものと認めて法第四条第八項の規定による内閣総理大臣の認定を申請し、その認定
　 を受けたときは、当該認定の日以後は、当該区域内造成地を所有する土地開発公社に関
　 する公有地の拡大の推進に関する法律施行令（昭和四十七年政令第二百八十四号）第七
　 条第三項の規定の適用については、同項中「造成事業」とあるのは、「造成事業並びに
　 区域内造成地（土地開発公社が同号の規定により造成した土地であつて、構造改革特別
　 区域（構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第二条第一項に規定する構
　 造改革特別区域をいう。以下この項において同じ。）内に所在するものをいう。以下こ
　 の項において同じ。）について借地借家法（平成三年法律第九十号）第二条第一号に規
　 定する借地権（地上権を除き、同法第二十四条の規定の適用を受けるものに限る。）を
　 設定し、当該区域内造成地を業務施設（工場、事務所その他の業務施設をいう。以下こ
　 の項において同じ。）、福祉増進施設（教育施設、医療施設その他の住民の福祉の増進
　 に直接寄与する施設をいう。以下この項において同じ。）又は立地促進施設（業務施設
　 又は福祉増進施設の当該構造改革特別区域内への立地の促進に資する施設をいう。）の
　 用に供するために賃貸する事業」とする。
２　法第九条第一項の規定により前項の認定が取り消された場合においても、当該取消し
　 前に同項の規定により読み替えて適用される公有地の拡大の推進に関する法律施行令第
　 七条第三項の規定に基づく賃貸の事業に係る賃貸借契約を締結した土地開発公社は、当
　 該賃貸借契約の効力の存する間は、引き続き、当該賃貸借契約に係る区域内造成地を賃
　 貸する事業を行うことができる。
　 （電気通信事業法の特例に係る政令で定める法令）
第五条　法第二十一条の政令で定める法令は、建築基準法施行令（昭和二十五年政令第三
　 百三十八号）とする。
　 （研究交流促進法施行令の特例）
第六条　法別表第十二号の国有施設等の廉価使用の拡大による研究交流促進事業に関する
　 研究交流促進法施行令（昭和六十一年政令第三百四十五号）第九条第一項から第三項ま
　 で及び第十条第一項から第四項までの規定の適用については、同令第九条第一項中「密
　 接に関連し、かつ、当該研究の効率的推進に特に有益である」とあるのは「関連する」
　 と、同項及び同条第二項中「法第十一条第一項」とあるのは「構造改革特別区域法（平
　 成十四年法律第百八十九号）第二十二条の規定により読み替えて適用される法第十一条
　 第一項」と、同条第三項中「認定をしようとするときは、財務大臣に協議しなければな
　 らない」とあるのは「認定に係る事務をその所管に係る同項に規定する機関の長に行わ
　 せるものとする。この場合において、当該機関の長が当該認定をしたときは、速やかに
　 各省各庁の長にその旨を通知しなければならない」と、同令第十条第一項中「共同して
　 行う研究」とあるのは「共同して行う研究、国が現に行つている研究と密接に関連し、
　 かつ、当該研究の効率的推進に特に有益である研究又は国が行つた研究の成果を活用す
　 る研究」と、同項から同条第三項までの規定中「法第十一条第二項」とあるのは「構造
　 改革特別区域法第二十二条の規定により読み替えて適用される法第十一条第二項」と、
　 同条第四項中「認定をしようとするときは、財務大臣に協議しなければならない」とあ
　 るのは「認定に係る事務をその所管に係る第二項に規定する機関の長に行わせるものと
　 する。この場合において、当該機関の長が当該認定をしたときは、速やかに各省各庁の
　 長にその旨を通知しなければならない」とする。
　 （事業）
第七条　法別表第十六号の政令で定める事業は、別表に掲げる事業とする。